Спасибо за вопрос. Извините с задержкой ответа.
Если на итоговую аттестацию выделяются зачетные единицы, то для нее специально выделяется время в календарном плане. Это время участвует в определении трудоемкости всей ООП ВПО.
Однако подготовка ВКР может осуществляться при реализации других циклов ООП ВПО (практика, НИР), как это указано в ФГОС ВПО (п.8.7).
"... Выпускная квалификационная работа в соответствии с ООП магистратуры выполняется в виде магистерской диссертации в период прохождения практики и выполнения научно- исследовательской работы и представляет собой самостоятельную и логически завершенную выпускную квалификационную работу, связанную с решением задач того вида (видов) деятельности, к которой готовится магистр (научно-исследовательской и научно-изыскательской, производственно-технологической, организационно-управленческой, преподавательской)...."
В этом случае выполнение ВКР включается в разделы (практика, НИР) на условиях совмещения и участвует в общем расчете времени выполнения раздела или части раздела. Например, если вы включайте в выполнение практики или НИР еще и выполнение ВКР, то необходимо четко распределить трудоемкость выполнения каждого из совмещенных разделов. Кстати, так называемый "шахтинский программный модуль Gosinsp", позволяет это сделать.
Ответ не является официальным мнением Минобрнауки, Рособрандзора и т.д.