ГИА - Госэкзамен/ВКР

Уважаемые Коллеги! У нас в вузе складывается следующая ситуация по предстоящей ГИА-2016: традиционно по специальности "Фармация" у нас выпускники сдавали госэкзамен, а небольшая часть - защищали дипломную работу (те, кто занимался НИР); в 2016 г. будет первый выпуск по ФГОС-3 - действующая редакция ФГОС предусматривает в качестве ГИА только сдачу госэкзамена! Как быть с теми выпускниками, что занимаются НИР - они все-таки планируют писать дипломную работу!? У кого-нибудь есть схожая ситуация? Каковы могут быть пути решения вопроса? Заранее благодарен.