Можно предложить следующие пути:
1. Разработка, утверждение и внесение изменений в ФГОС ВПО регулируется документом, который есть у нас на сайте в разделе нормативно-правовое обеспечение ФГОС ВПО «Правила разработки и утверждения ФГОС. Постановление Правительства РФ от от 24 февраля 2009 г. N 142
http://fgosvpo.ru/uploadfiles/npo/20110313170704.pdf . Инициатором предложений по изменениям в ФГОС ВПО выступает разработчик соответствующего ФГОС ВПО. Поэтому для внесения изменений в ФГОС ВПО необходимо обратиться к организации разработчику ФГОС ВПО с соответствующими рекомендациями.
2. Период экспертизы ФГОС ВПО перед его утверждением на Совете стандартам, предусмотренный документом «Правила разработки и утверждения ФГОС. Постановление Правительства РФ от от 24 февраля 2009 г. N 142
http://fgosvpo.ru/uploadfiles/npo/20110313170704.pdf .
3. ФГОС ВПО и их изменения утверждаются приказами Минобрнауки России и регистрируются в Минюсте. Переде регистрацией в Минюсте Минобрнауки России представляет проекты приказов на своем сайте в разделе Проекты документов Минобрнауки. В этот момент для внесения замечаний и предложений ФГОС ВПО доступны для всех субъектов (юридических и физических лиц). Любой человек или организация может указать в этот момент на проблемы в содержании документа.
4. Внимательно анализируйте и делайте свои предложения, особенно, когда речь идет о технических ошибках (не совпадает баланс зачетных единиц по циклам, упущены абзацы и т.п. ).
Помните, качество стандартов зависит от Вашей общественно-профессиональной позиции и активности!
Ответ не является официальным мнением Минобрнауки, Рособрандзора и т.д.
Коллеги! Инициировать процедуру изменений в ФГОС ВПО может любой вуз, реализующий ООП ВПО по ФГОС ВПО по соответствующему направлению (специальности). 
